Né à Beira au Mozambique, il a étudié au Conservatoire National de Cinéma de Lisbonne et a travaillé comme journaliste, monteur et photographe.
À son retour au Mozambique, il a rejoint le FRELIMO, mouvement pour l’indépendance du pays et a été nommé directeur du Service National de la Radio du Mozambique. À partir de 1979, il collabore avec Mia Couto et Albino Magaia pour le magazine Tempo.
En 1986, Joan Luis prend finalement la décision de devenir cinéaste. Depuis lors, il a réalisé de nombreux films, principalement des documentaires et des téléfilms (A Janela, O Búzio, As Teias da Aranha, etc.).
Son travail est socialement engagé et traite souvent de sujets tabous comme le sida ou la violence domestique. Fervent partisan des processus participatifs, il se rend souvent au Mozambique pour montrer ses films dans des villages et discuter avec la population. Mabata Bata est son dernier long métrage, produit en 2017.
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